海灣GST-5000主機故障一般可分為兩類，
一類為控制器內部部件產生的故障，如主備電故障、總線故障等；另一類是現場設備故障，如探測器故障、模塊故障等。 故障發生時，可按“消音”鍵終止故障警報聲。
若主電掉電，采用備電供電，處于充滿狀態的備電可維持控制器工作 8 小時以上，直至備電自動保護；在備電自動保護后，為提示用戶消防報警系統已關閉，控制器會提示 1 小時的故障聲（GB 4717-2005 的要求） ；在使用過備電供電后，需要盡快恢復主電供電并給電池充電48 小時，以防蓄電池損壞。
若系統發生故障，應及時檢修，若需關機，應做好詳細記錄。
若為現場設備故障，應及時維修，若因特殊原因不能及時排除的故障，應利用系統提供的設備屏蔽功能將設備暫時從系統中屏蔽，待故障排除后再利用取消屏蔽功能將設備恢復。